EN消毒剂的消毒效力受多个因素影响，既包括消毒剂本身的性能，也包括待消毒表面所含有的微生物种类和数量，以及待消毒表面的洁净度。了解影响消毒效力的主要因素，有助于在配制、贮存和使用过程中对消毒剂进行有效管理，确保其维持有效的消毒效力。
影响消毒效力的主要因素
- 作用浓度和时间
一般规律是在有效浓度范围内浓度愈高，作用时间愈久，杀菌效果愈好。
- pH值
pH值对消毒剂的消毒效力影响比较大，一般来说，化学消毒剂的pH值在小于3或者大于10时消毒效力会上升。但有些消毒剂例外，例如2%戊二醛在pH超过9.0时，戊二醛会迅速聚合，失去杀菌能力。含次氯酸类消毒剂的消毒效力主要由未分解的次氯酸浓度决定，pH值愈低，未分解的次氯酸愈多，随着pH值的上升，越来越多的次氯酸会被分解，杀菌能力迅速降低。
- 温度
温度增高可加强杀菌作用。杀菌速率一般会随温度的升高而加快。但温度对不同的消毒剂的消毒效力的影响不尽相同。
- 表面残留物质
有机物的存在会明显干扰消毒剂的消毒效力。表面活性剂和金属离子的存在对消毒效力也有一定的影响，可以降低或增加消毒作用。有研究表明一些金属离子(Cr3+、AL3+、Ni2+、Co2+)会引起过氧乙酸快速分解,一些金属离子(Hg2+、Cu2+、Zn2+、Pb2+、Ag+)会引起过氧乙酸缓慢分解,还有一些金属离子(Mg2+、K+)对过氧乙酸起稳定作用。
- 消毒剂配制用水
消毒剂配制用水的质量会影响消毒剂的消毒效力和稳定性。高硬度水、水中所含微生物和化学物质均可能对消毒剂的消毒效力产生不良影响，因此，建议使用纯化水或注射用水进行消毒剂的配制。
同时应该注意有些浓缩型消毒剂在稀释过程中，稳定剂的平衡体系可能会被破坏，短时间内含量会迅速发生变化，必须现配现用。生产商所提供的有效期是指一直保存在密闭或“原装”容器时的有效期，一旦容器被打开（即用型或浓缩型），生产商标注的有效性和无菌性将发生改变。
消毒剂的作用机理
消毒剂通常以一种或多种方式联合对微生物起杀灭作用
- 改变病原微生物细胞膜的通透性
季铵盐类和醇类可导致胞浆膜结构紊乱并干扰其正常功能。使小分子代谢物质（如核苷酸、氨基酸）溢出胞外，影响细胞传递活性和能量代谢，甚至可诱使自溶酶引起细胞壁溶解导致细胞破裂。
- 干扰、破坏病原微生物的酶系统
许多消毒剂能破坏微生物的酶系统，从而影响微生物的正常代谢，产生抑菌性和杀菌作用。如酚类、双胍类、过氧化物类和重金属盐类能与细菌的磷酸脱氢酶结合并使之失去活性。
- 使病原微生物的蛋白质凝固、变性甚至破坏核酸
酸碱、醛类、醇类、过氧化物类和重金属等消毒剂可改变蛋白构型而扰乱多肽链的折叠方式，主要作用于菌体蛋白的疏基、羟基、羧基和氨基，使之烷基化，或者直接使蛋白质中的氨基酸氧化分解，氨基酸链断裂，造成蛋白发生不可逆的变性、凝固，导致结构蛋白和功能蛋白都遭受严重破坏。氧化剂和酸碱还能使核酸双螺旋结构被破坏，氢键断裂。
